遺傳原因：在不同的家族裡已發現有許多類型腦炎後遺症並且有些家族被檢測出某一特殊基因異常這些基因異常可導致人體內鈣鉀鈉以及其他其他化學物質代謝細微的改變遺傳因素通常不是直接引發腦炎後遺症因但會間接影響疾病發展基因能影響患者藥物代謝途徑或者可導致大腦局部神經元畸形
顱”腦損傷”：顱腦損傷可以導致腦炎後遺症發作如果顱腦損傷較嚴重發作可能在近幾年就會發生而如果損傷是輕微的發作的危險就會比較小
環境原因：環境的或職業性地暴露於鉛一氧化碳或某一化學物質使用某些藥物或過量酒精攝入缺乏睡眠應激或激素改變停用某些抗憂郁和抗”焦慮”藥物
其他疾病：引起腦損害的疾病往往也是腦炎後遺症的原因有時通過治療原發病可以阻止腦炎後遺症發展但也有病例原發病治愈後仍繼續發生發作發作是否能停止取決於原發病的類型受侵襲腦組織的部位以及腦損害的程度。
