由於本病病因不明，防治僅能針對並發症而實施。治療原則是弛緩肥厚的心肌、防治心律失常、減輕左室流出道梗阻。可先用β受體阻滯劑（如心得安、倍他樂克等）、異搏定、心痛定、恬爾心等藥物治療。對室上性心律失常使用異搏定、β阻滯劑效果較好；但對伴有心衰、病態窦房結綜合征、房室傳導阻滯的患者則宜慎用β阻滯劑和異搏定；對極少數診斷肯定，用藥療效不佳的重度梗阻型心肥病患者可試用切開或部分切除肥厚的心肌以解除症狀。
本病患者平時應避免勞累，特別應避免劇烈運動、負重或屏氣等，這樣可減少猝死的發生。同時還應預防感染，以免發生心力衰竭和感染性心內膜炎，應盡量避免使用增強心肌收縮力的藥物（如洋地黃類藥物、異丙腎上腺素等），以及減輕心髒負荷的藥物（如硝酸甘油等藥物），因為上述藥物均可使左心室流出道梗阻加重，從而使病情加重。預防方法有： （1）加強生活指導。 （2）藥物指導。對無症狀者是否需藥物治療意見不一致。有學者認為，對症狀輕微或無症狀者，預防性應用β受體阻滯劑或鈣拮抗劑能否延緩疾病進展及猝死發生尚無定論，小劑量胺碘酮可改善預後，大劑量則否。對高危患者應加強治療，β受體阻滯劑和鈣拮抗劑能改善自覺症狀，普通劑量的普萘洛爾即可。鈣拮抗劑宜選用合心爽、維拉帕米，不用短效的硝苯地平。鈣拮抗劑有時會誘發房顫，因此左方內徑>40mm者慎用。有人主張首選β受體阻滯劑。 在日常的生活中，肥厚型心肌病的患者吃以下食物對身體有好處：
1、給予低脂、高蛋白等易消化的食物；
2、補充適量纖維素；
3、多吃新鮮水果蔬菜；
4、進食宜清淡消化低脂肪高蛋白之品；
5、少食多餐，每餐不宜過飽，晚餐應盡量少吃；
6、多喝水；
7、要多吃富含維生素B，維生素C之品。
8、多食用纖維之品。
肥厚型心肌病患者在飲食上也有一定的禁忌：
1、盡量避免刺激性食物、肥甘厚味及生冷的東西；
2、不飲濃茶、咖啡等。
3、禁酒。
